با توجه به سن خانم، شرایط رحم و کیفیت جنین‌های تشکیل شده و با نظر پزشک متخصص زنان و جنین‌شناس، معمولاً ۲-۳ جنین با کیفیت مناسب انتخاب شده و به بیمار منتقل می‌شود.
انتقال جنین روش پیچیده‌ای نیست و بدون بیهوشی انجام می‌شود. در این روش، جنین‌ها به وسیله یک لوله باریک و مخصوص به رحم منتقل می‌شوند. انتقال جنین معمولاً ۲-۳ روز بعد از تخمک گیری انجام گرفته و ۱-۲ ساعت پس از انتقال جنین، خانم مرخص خواهد شد. توصیه می‌شود که طی ۳-۴ روز آینده فعالیت شدیدی که منجر به خستگی مفرط شود، نداشته باشد. در این مدت نیاز به استراحت مطلق نیست و خانم می‌تواند زندگی عادی خود را داشته باشد. معمولاً ۱۲-۱۴ روز بعد از انتقال جنین، بیمار به آزمایشگاه هورمون مراجعه می‌کند تا مقدار BHCG موجود در خون اندازه‌گیری شود چرا که افزایش این هورمون اولین نشانه حاملگی است.